Девятый. История Древних начинается с того, что главный герой, носивший имя или позывной Девятый, приходит в сознание в странном положении — он находится в капсуле и испытывает непонятные ощущения с телом и зрением. Он замечает, что вокруг него множество капсул, а технологии, которые он видит, принадлежат Древним, древней расе, а также замечает присутствие представителей этой расы. Девятый не понимает, как попал в эту ситуацию, и пытается разобраться, подключаясь к ближайшим системам, однако обнаруживает, что ресурсов для помощи у него очень мало.

Герой находится в сложной обстановке, которая включает ограничение свободы — он связан и лишён полноценного контроля над своими действиями. Его попытки понять происходящее сопровождаются встречами с другими персонажами, такими как Гар и Гурам, которые оказывают влияние на его действия и настроение. Отношения с ними и другими героями разворачиваются на фоне подготовки и проведения ремонта космического корабля Девятого, который он намерен модернизировать для дальнейших целей. Взаимодействия с представителями различных групп и исследование найденных предметов, вроде старых костюмов странного происхождения, показывают расширяющуюся картину мира, где между различными расами и группировками существуют конфликты и напряжённость....