В Ковчег 5.0 Стая начинается с того, что система проектного переноса личности приходит в действие и предлагает герою новую цифровую жизнь после его смерти. Главный персонаж оказывается в неизвестном мире, где ему выдается книга «Свод» — источник информации о местности и окружающей среде, который предстоит собирать по частям. Герой изучает эту книгу, пытаясь понять устройство нового мира и доступные ресурсы. Он сталкивается с необходимостью выживать в сложных природных условиях, а также налаживать отношения с другими поселенцами и участниками группы.

Важной частью повествования становится взаимодействие внутри команды и распределение ролей: кто-то занимается охотой и сбором добычи, другие исследуют территорию и готовятся к возможным угрозам. В числе персонажей есть историк, охотник, боец и другие, каждый со своими особенностями и обязанностями. В процессе появляются конфликты и ситуации, требующие быстрого реагирования, например, использование магии с непредсказуемыми последствиями. Герой демонстрирует осторожность и стремится сохранять порядок, контролируя действия окружающих и предупреждая опасные эксперименты....