Непокорная. Жена по любви начинается с того, что главная героиня, Марго Лонгрей, оказывается в сложном положении после заключения брака. Её новая семья и домашний уклад не совпадают с её личными стремлениями и характером. Марго никак не может привыкнуть к спокойной жизни в королевском чертоге, многие события вызывают у неё внутреннее сопротивление, а попытки наладить отношения с мужем Дарком не приносят ожидаемого результата. Дарк, в свою очередь, сталкивается с отсутствием понимания и дистанцией со стороны супруги, что усложняет их совместное существование. Влияние фамильных интриг и внешних обстоятельств усугубляет ситуацию, при этом внутри дома появляются новые сложности, связанные с фантомами и личными границами героев.

Главный сюжет получает развитие после того, как Марго ищет способы сохранить важные для себя отношения и не терять близких, стремясь совместить в своей жизни мужа и фантома, которого она не готова потерять. В попытках разобраться с личными и магическими вопросами героиня сталкивается с необходимостью найти ответы на сложные темы, касающиеся слияния с фантомом и особенностей магии. Она активно ищет информацию, в том числе в королевской библиотеке, где ей приходится взаимодействовать с разными персонажами. При этом ей приходится скрываться от влияния и контроля леди Маливы и её приближённых, что дополнительно осложняет жизнь Марго....