К этому моменту неаполитанский король Альфонс IV так же включился в войну, начав наступление из Эпира — его войска дошли до Янины в северной Фессалии. Летом 1620 года неаполитанцы соединились с госпитальерами и вышли к границам Македонии, однако из-за растянувшихся линий коммуникации Хирон де Сальседо вынужден был приостановить боевые действия. Этим поспешил воспользоваться Осман II, который, не смотря на юный возраст, лично возглавил армию и разбил христиан в битве на реке Альякмон.
К осени 1621 года турки выбили европейцев из Эпира и Северной Греции. Неаполитанские войска вынуждены были обороняться в своих крепостях на побережье Отранто, а госпитальеры отошли за Фермопилы. Осман II, посчитав достигнутые цели достаточными, вернулся в Константинополь, планируя на следующий год новое наступление, но 20 мая 1622 его свергли и убили янычары. Рыцари получили передышку на целых 13 лет, в течение которых была выстроена орденская административная система на по всей Греции, а от турок очищены острова Китира и Эвбея, а на суше иоанниты продвинулись вплоть до Салоник.
Однако в 1635 году Мурад IV перешел в решительное наступление — неаполитанские крепости в Албании, перешедшие к тому времени в руки испанцев, были окончательно захвачены, а немногочисленное рыцарское войско разбито и изгнано из Фессалии. Оборона Фермопильского ущелья задержала турок на несколько месяцев, но уже летом 1636 турецкие войска прорвались в Беотию, оттуда — в Аттику, где 28 сентября взяли Афины. Новый магистр — Мартин де Редин — вынужден был отвести свои силы на Коринфский перешеек, где были созданы искусственные укрепления. Турки не сумели взять их с первого раза и Мурад IV решил отложить новый штурм до весны следующего года. Однако за это время рыцари укрепили перешеек, превратив его в неприступную крепость — все атаки турок захлебнулись, в результате чего Морея осталась в руках христиан. В 1638 году было заключено Коринфское перемирие, положившее конец Морейской войне.
Войну Священной Римской империи Турция объявила лишь когда пала последняя испанская крепость в Албании — в 1635 году. Главной целью притязаний стала Босния, но в перспективе Мурад планировал захват всей Хорватии и Венгрии, с выходом к Вене. Первоначально туркам сопутствовал успех — в сентябре 1635 года началась осада Белграда, окончившаяся взятием города уже на следующий год. В 1636 году Мурад IV во главе своей 100-тысячной армии вторгся в Боснию и вскоре ему сдались все города по правому берегу реки Врбас, однако Иоанн II сумел правильно среагировать на возникшую угрозу — резервы, которые готовились, чтобы окончательно подавить сопротивление в Померании, были переброшены на юг, а к румынскому королю Николае I, который за 8 лет войны сумел захватить значительные владения в Трансильвании, было направлено посольство, которое в обмен на территориальные уступки добилось вступление Румынии в войну с Турцией.