В октябре этого же года был арестован по обвинению в «контрреволюционной деятельности», осуждён и в конце того же года сослан на три года в город Каркаралинск, где имел возможность служить в городском храме.
С одна тысячи тридцать третьего года я был назначен митрополитом Ленинградским с сохранением управления Новгородской епархией. В тридцать седьмом году выселен из игуменских покоев Новодевичьего монастыря у Московской заставы и невольно проживал сначала на колокольне Князь-Владимирского собора; с сорокового года — на хорах Николо-Морского собора, ставшего кафедральным, и где я с того времени обычно служил.
Во время «Большого террора» было расстреляно около восьмисот священников и диаконов, служивших в моей епархии, и к сорок первому году число действовавших храмов на этой территории, включая Ленинград, не превышало двадцати. Во время войны, в период блокады Ленинграда я оставался в городе, совершал литургии и молебны, проповедовал, ободрял и утешал верующих. В будние дни, часто без диакона, сам причащал и читал поминания. Постоянно обращался с патриотическими посланиями к своей пастве. Руководимая мною ленинградская епархия, находящаяся в условиях блокады, внесла в фонд обороны страны более трех миллионов рублей наличными деньгами, а также пожертвования ценными вещами. Руководствуясь призывом патриаршего местоблюстителя митрополита Московского Сергия, моя епархия внесла на постройку колонны танков имени Дмитрия Донского ещё полмиллиона рублей. Я, став патриархом, с разрешения Сталина, обеспечившего мне личную охрану в штатском, совершил первое в истории московских первосвятителей паломничество в Святую землю (Иерусалим, Александрия, Каир, Бейрут, Дамаск и Лидда), нанеся визиты восточным патриархам. В ходе путешествия преследовалась политическая цель вовлечь неславянские православные Церкви в орбиту Московского Патриархата, что удалось в некоторой степени в отношении Антиохийского Патриарха Александра Третьего. Видите, какую жизнь я прожил? Как вы оцениваете мою деятельность на посту руководителя Русской Православной церкви?
Я пожал плечами — Папа сожалеет, что вы не поддержали его идею объединения расколотых церквей!
Я вижу на вас, Юрий Вячеславович, знаки католического ордена, за что Папа вам вручил эту награду?
— За наведение порядка на Кавказе и замирение православных армян и мусульман-азербайджанцев. Почему на словах говоря о мире, на деле Русская Православная Церковь отказывается мириться с католиками? И почему не идет на сближение с старообрядцами?
— Понятно! Не поддержал я предложение Папы потому, что Богословского значения для всей Полноты Святой Православной Церкви этот акт не имеет, ибо разделение Церквей Католической и Православной слишком глубоко и для преодоления его в настоящее время нет соответствующих оснований. Русское же старообрядчество было осуждено собором одна тысяча шестьсот шестьдесят седьмого года. Прибывшие тогда в Москву восточные патриархи признали старые русские обряды еретическими и соборно осудили их как такие. Я считаю, что двое-, трое-, пенто-, моноперстие — всё это не является догматическими определениями, вопросами веры, но вопрос благочестивой практики в разных социальных и исторических условиях. В Древней Церкви крестились одним большим пальцем, направленным на себя, перекрещивая не тело до пояса, но только лицо. Было время того, что крестились пятью сложенными в щепоть пальцами. Греки решили практику крещения унифицировать, наши же старообрядцы не захотели принять унификацию. В принципе я готов начать диалог с старообрядческой церковью. Но я попрошу вас помочь решить возникшую с властью проблему.