Отряды разошлись по рекам во все концы Черниговской земли: вниз по Десне к городку Лутава, что на границе с Переяславским княжеством, вверх по реке Десне до городка Вщиж, что на границе со Смоленским княжеством, вверх по реке Сейм к Путивлю, что на границе с половецкими землями, вверх по реке Сож, что на границе с Киевским княжеством. Пятый отряд направился в обратный путь в верховья Оки, чтобы взять под контроль города Корачев, Козельск, Кром, Мценск, Дедославль, стоящие на притоках Оки. Шестой отряд спустился по Десне в Днепр, затем поднялся по Днепру до города Любеск, чтобы охранять границу с Киевской землей по Днепру.
К началу сентября все города Черниговской земли перешли под власть Царя Ширвана. Почти все города сдались добровольно, получив известие о падении Чернигова, гибели князя и боярства. Лишь городок Дедославль оказал сопротивление, поскольку его наместник не получил сообщение от князя о нападении ширванцев, а ширванцам он не поверил. Все отряды встали во взятых городах на зимние квартиры. У населения активно закупали продовольствие и фураж.
В сентябре пароходы и бригантины снова пришли на Русь из Баку. Они доставили боеприпасы, продовольствие и 64 гладкоствольных полевых пушек, 80 огнеметов и стальные части для изготовления на месте двух сотен баллист. Большая часть этих орудий пошли на усиление городских гарнизонов. На кораблях прибыли четыре сотни опытных чиновников от всех министерств и ведомств для устройства органов власти на местах.
Кроме того, корабли доставили 16 паровых двигателей, столько же колесных движителей и прочего оборудования для строительства пароходов. Паровые двигатели были рассчитаны для работы на твердом топливе: дровах или угле. На кораблях прибыли две сотни мастеров всех специальностей с необходимым для работы оборудованием. На верфях Чернигова бакинские корабелы заложили 16 колесных речных пароходовпорожним водоизмещением по сотне тонн.
За зиму 16 — 17 годов на вновь завоеванных землях было нарезано около тысячи дворянских поместий по две сотни дворов, сотня волостей и два десятка бейликов. Беками в поместья назначили руссов, отслуживших в ширванских полках не менее четырех лет. Войтами и беями назначили россиян. В администрации бейликов и городов назначали армян и руссов, уже получивший соответствующий опыт управления в Ширване.
Города Чернигов, Новгород-Северский, Ростов и Рязань получили статус самоуправляемых. В бейликах начали формировать дружины, в городах — гарнизоны и стражу.
В Чернигове и Рязаниформировались два регулярных пехотных полка из взятых в плен местных ополченцев и дружинников. Офицерами в полки назначали унтеров из ширванских полков, закончивших училище и отслуживших по три года, а командирами полков и батальонов — россиян. Солдаты ширванских полков становились унтерами в новых. В Путивле формировали конный полк, предназначенный для охраны границы с половецким Диким полем.