Массовое убийство коммунистов имело место и на острове Бали, где традиционно проживают индонезийские индуисты. Здесь, в силу отсутствия значительного количества мусульманского населения, антикоммунистическую резню возглавили представители высшей индуистской касты, которые призывали к убийствам коммунистов, покушавшихся на основы традиционного кастового общества. Однако, коммунисты смогли оказать воинствующим индуистам сопротивление и лишь помощь прибывших парашютно-десантного полка коммандос и дивизии «Бравиджайя» помогли индуистским землевладельцам завершить уничтожение коммунистической партии на Бали.

Помимо миллиона убитых, до двух миллионов человек были брошены в тюрьмы и концентрационные лагеря. Жертвами геноцида также стали и представители китайского населения. В Индонезии, равным образом, как и в большинстве других стран Юго-Восточной Азии, проживала внушительная китайская диаспора. Китайцы играли важную роль в торговле, бытовом обслуживании населения, в связи с чем воспринимались крестьянами и городскими люмпенизированными слоями как эксплуататоры и перекупщики. Естественно, что погромы сопровождались мародерством китайских магазинов, лавок, мастерских, грабежами и убийствами китайских семей. Власть антикитайским настроениям не особо препятствовала, поскольку было известно, что КНР поддерживает Компартию Индонезии и может действовать через многочисленную китайскую диаспору.

12 марта 1966 года генерал Сухарто официально запретил Коммунистическую партию Индонезии и подконтрольные ей профсоюзы. Фактически резня 1965 года повлекла за собой уничтожение Коммунистической партии Индонезии. Судисман, избранный после убийства Айдита и Ньото руководителем партии, через год был казнен. Небольшое коммунистическое подполье сформировалось лишь в Блитаре в Восточной Яве, где в марте 1968 года крестьяне устроили массовое убийство членов исламистской партии Нахдатул Улама в знак мести за участие исламистов в убийстве коммунистических активистов. Вскоре после этой акции подполье в Блитаре было разгромлено.

Показательно, как так называемые демократические страны Запада восприняли ужасные по своему размаху убийства в Индонезии. Австралийский премьер-министр Гарольд Холт заявил, что цифра от пятисот тысяч до миллиона «приконченных коммунистов» свидетельствует о том, что переориентация в Индонезии произошла успешно. Соединенные Штаты Америки также приветствовали события в Индонезии, прекрасно понимая, что в результате прихода к власти Сухарто удалось уничтожить опаснейшего противника США в стране — коммунистическую партию, отстранить от власти «неуправляемого» левого лидера Сукарно и создать все условия для превращения Индонезии в американскую марионетку.