Хотя, будучи сыном священника, сам себя Дрейк считал джентльменом, он думал о себе, что не относится к простым матросам слишком высокомерно, а просто хорошо знает, что каждый из них может погибнуть в любой момент, например, сорвавшись с реи. К мнению в отношении матросов, что нижние чины представляют собой расходный человеческий материал, Дрейка приучила не столько работорговля, которой он тоже занимался много лет, сколько долгая корабельная служба, которую он сам начал еще ребенком юнгой на судне, принадлежавшем брату его матери Уильяму Хокинсу. Еще тогда, в те первые самые трудные годы, проведенные на воде в постоянной зависимости от воли старших, он уже отлично понял, насколько опасна профессия моряка.
Тем не менее, он нашел в этой профессии свое призвание, делая успехи, которые не оставались незамеченными. И ему повезло выбиться из юнг не в матросы, а сразу в командиры, потому что уже в восемнадцать лет судовладелец назначил Дрейка корабельным казначеем. Потом Френсис примеривал на себя разные другие судовые роли, пока сам не сделался капитаном. Опыт, решительность и храбрость помогали ему побеждать испанцев, которых Дрейк ненавидел еще со времен своего второго плавания в Америку в двадцать восемь лет.
Первое свое путешествие через Атлантику он совершил за год до этого, но, тогда все завершилось благополучно. Совершив рейд против португальцев, они в тот раз с капитаном Джоном Ловеллом устроили удачный налет и в Западной Африке, где взяли рабов, а потом продали многих из них вместе с добычей, захваченной у португальцев, испанским плантаторам. Но, во втором походе к берегам Американского континента им не повезло. Возле побережья Мексики в Сан Хуан де Улуа на них напала испанская эскадра. И англичане с трудом оторвались от преследования, потеряв все свои корабли, кроме двух. Правда, на одном из них шел Дрейк, благополучно избежавший смерти или плена. Вот только многие из тех, с кем он начинал свою морскую карьеру, погибли в сражении. И именно тогда Дрейк поклялся испанцам отомстить.
В тридцать лет, получив под свое командование два корабля, Френсис отправился на разведку к побережью Америки. На тщательные приготовления ушло два года. Но, удача оказалась на стороне англичан. Первая же атака на Панамский перешеек позволила захватить немало серебра и золота. Целый год в тот раз Дрейк вел против испанцев самую настоящую собственную войну, грабя их караваны не только в море, но и на суше. Трофеев оказалось столько, что все невозможно было взять с собой, потому часть сокровищ даже пришлось закопать. После этого он вернулся в Плимут уже очень богатым человеком, да и никто из его команды обделен не был. Вот только страсть к опасным морским приключениям снова не позволила Дрейку остаться в Англии надолго. К тому же, его потянуло и в политику. Поступив на службу к графу Эссекса, в тридцать пять лет Дрейк поучаствовал в войне английской короны, осадив со своей эскадрой ирландский остров Ратлин и проявив себя храбрым сторонником британской монархии, который лично способствовал капитуляции клана Макдоннелов.