Серьёзным препятствием становится инцидент, в ходе которого у одного из главных организаторов — Ховрина — останавливается сердце в процессе эксперимента. Это событие приводит к прекращению работы над проектом и разворачивает внутренний конфликт между участниками, которые по-разному воспринимают последствия произошедшего. Алексей сталкивается с изменениями в своём мире, которые отражают внутренние конфликты и потери. Его попытки справиться с происходящим оказываются тщетными, а созданные им проекции начинают приобретать жуткий облик. Взаимоотношения между героями усложняются, когда Сереяют и Алексей спорят о судьбе Гештальта и необходимости прекратить эксперимент.

Оставшись наедине с созданным миром, Алексей погружается в осознание того, что Гештальт, каким он его задумывал, уже изменён, и возвращение к реальности становится всё более трудным. Его задача — найти баланс между удержанием иллюзии и необходимостью прекратить погружение, однако ситуация осложняется не только внешними препятствиями, но и внутренними сомнениями и страхами. По мере развития сюжета возникает напряжение между желанием сохранить созданный Рай и осознанием его разрушительности, создавая дилемму между фантазией и действительностью. «Эффект Ховрина [СИ]» отражает эти противоречия, разворачивая события в условиях сложных экспериментов с сознанием и техногенной реальностью.

Автор произведения — Рашид Алиев — формирует сюжет в рамках жанров киберпанка и Си, делая акцент на технологических и психологических аспектах взаимодействия человека с виртуальными мирами и собственным сознанием.