Третий сын: Ну здравствуй… Папа начинается с того, что главный герой оказывается в состоянии, когда обычная жизнь прерывается необходимостью принять новые, сложные обстоятельства. Он живёт в мире с мгновенной транспортной системой и обладает особыми способностями, требующими постоянного развития и тренировки. Его повседневное существование связано с заботой о нескольких подопечных, а также с ответственностью за сына, чьё состояние вызывает серьёзную тревогу. Герой пытается разобраться с ситуацией, в которой пребывает его ребёнок, и справиться с возникающими угрозами.

Сначала события разворачиваются вокруг состояния сына, находящегося в палате с медицинским наблюдением. Главный персонаж сталкивается с трудностью установления родственных связей и восприятия сына как взрослого человека, обладающего собственной волей и опытом. В окружении героя находятся несколько женщин, одна из которых — бывшая императрица, теперь выглядящая как молодая девушка. Сложные отношения и неоднозначные чувства усложняют взаимодействия между персонажами. Появляются элементы, связанные с перенесением сознания и созданием копий людей с душой и памятью, что добавляет уровни сложности и опасений по поводу возможных последствий этих действий....