Основной конфликт развивается на фоне попыток управляющего закрытым пространством героини Властителя добиться полного подчинения её Сердца времени. Герой сталкивается с безысходностью, ощущением постепенной утраты сил и присутствием Бездны в себе. Властитель неоднократно приходит к ней, пытаясь склонить к сотрудничеству и раскрыть тайны своего прошлого, связанного с магией времени. В то же время героиня вспоминает друзей и моменты из жизни в Академии, что поддерживает её дух в заточении. Другое важное препятствие — неопределённость судьбы её товарищей и неясность того, смогут ли они спастись или остаться во временной ловушке.

В течение развития сюжета героиня испытывает внутренний разлад и утрату надежды, но одновременно получает новые сведения о происхождении Властителя и сути его замыслов. Его попытки объединить Хаос и Безду оказываются связаны с её собственной силой. Главная задача, стоящая перед героиней, — сохранить свою силу, предотвратить усиление Властителя и разобраться в сложившихся обстоятельствах, несмотря на тяжёлые условия и подчинение, в которое она попала.

Академия Хронос. Сердце Времени написана Ольгой Ивановой и описывает конфликт между магами времени и силами Бездны, исследует ограничения и возможности влияния на течение времени, отношения между героями и их сложные испытания в борьбе за контроль над своими способностями и будущим Альянса.