Помимо непосредственно военных действий, сюжет затрагивает организационные и стратегические вопросы. Биг Босс управляет несколькими направлениями формирования армии, учитывая технологические, магические и социальные особенности различных миров и рас. В его распоряжении находятся механические валькирии, маги-пилоты, космодесантники, земляне, а также искажённые гоблины в роли вспомогательных частей. Армия постепенно структурируется с учетом специфики каждыйх планет и боевых условий, что связано с внедрением новых технологий и генной модификацией бойцов. При этом внутренняя политическая и экономическая динамика, взаимодействие с союзниками и необходимость аккуратно балансировать ресурсы влияют на развитие событий.

Появление крупных враждебных сил, реализующих массированные атаки через порталы, создаёт постоянное напряжение и требует непрерывного укрепления оборонительных линий. Биг Босс руководит разработкой и строительством укреплений, сдерживанием нападений и расширением влияния на плане­тах союзного континента. Его главная задача — сохранять контроль над территорией, обеспечивать боеспособность армии и соединиться с армией Стилима, несмотря на накопившийся отрицательный баланс системных очков, который компенсируется военной мощью. Конфликт между необходимостью войти в бой и ограничениями системы управления ресурсами формирует основу напряжённой военно-стратегической ситуации, в которой развивается сюжет под руководством Кая Ханси.