Интеллектум 2 начинается с момента, когда Алексей, известный как Феникс, находится на борту яхты «Темное Сияние», сопровождаемый искусственными интеллектами и меха-существами. Его задача — справиться с последствиями взрыва и организовать лечение пострадавших. В процессе он получает информацию о необходимости модернизации и активации новых возможностей, связанных с дроидами и технологиями, которые дают значительные преимущества во внутренней структуре и снаряжении. Алексей испытывает влияние особой субстанции — интеллектума, которая усиливает его способности и открывает новые возможности.

Главный герой одновременно сталкивается с необходимостью управлять техническими сложностями и поддерживать боеготовность экипажа. В ходе событий он получает новый штурмовой автомат спецназа «Зимогор», обладающий сложной системой нейро-подключения и дополнительными функциями, которые зависят от его навыков и состояния. Алексей взаимодействует с различными дроидами, распределяет ресурсы и готовится к выполнению новых задач, которые требуют сочетания стратегического мышления и оперативных действий. При этом вокруг него сложная обстановка: боевые действия близки, а союзники находятся в разных состояниях здоровья и боевой готовности....