В развитии сюжета появляются новые персонажи — двое рекрутов, пытающихся присоединиться к Легиону и обладающих аномальными способностями, что вызывает опасения у Хранительницы Ядра, Моры. Внутренние сложности связаны с необходимостью управлять энергетическим Ядром системы Стеллар, которое было частично повреждено и требует особой осторожности при использовании, так как ошибочные действия могут привести к катастрофическим последствиям. В то же время использование Ядра предоставляет возможность временной связи и управления подразделениями.

События усиливаются появлением огромного количества зараженных и чудовищ, направляющихся к Кратеру, что делает оборону и эвакуацию особенно сложной. Командование спешит закрыть все люки на разрушительном корабле «Экстерменацио» и подготовиться к бомбардировке абсолютным оружием, которая должна остановить наступление тварей. При этом сохранять спокойствие и дисциплину становится критически важной задачей для всего экипажа и войск.

Главная дилемма связана с сохранением человеческого лица и единства отряда в условиях войны и моралитой угрозы со стороны инопланетных существ, а также ограниченности ресурсов и технических возможностей. Выборы, которые стоят перед героями, касаются методов ведения боевых действий, использования технологий и взаимодействия с новыми членами команды. Конфликт между необходимостью выживания и сохранением идентичности раскрывается через действия и решения, принимаемые в ходе наступательной операции на Черной Луне.

Таким образом, Стеллар. Прометей Романа Прокофьева описывает комплексную ситуацию военного противостояния на фоне научно-фантастического конфликта, в центре которого — командир и его подразделение, пытающиеся справиться с внешними и внутренними вызовами в условиях жёсткой борьбы за выживание.