Он вызвал к себе министра иностранных дел — князя Лобанова-Ростовского, опытного дипломата старой школы, который служил ещё при Александре II. Князь был умён, осторожен и, что особенно ценно, лишён иллюзий относительно международной политики. Кирилл изложил ему своё видение: Россия не стремится к войне с Японией, но не может игнорировать японское усиление. Необходимо, с одной стороны, дать понять Токио, что любое посягательство на российские интересы будет встречено жёстко. С другой не провоцировать японцев без нужды и, по возможности, попытаться достичь мира в корейском вопросе. И параллельно с этим готовить военную инфраструктуру на Дальнем Востоке так, чтобы в случае конфликта Россия могла не просто отбиться, а нанести молниеносный и убедительный ответ, не растягивая войну на годы позорных поражений.

Лобанов-Ростовский, в отличие от многих своих коллег, не стал возражать. Он, видимо, уже успел понять, что спорить с новым императором это занятие бесполезное. Вместо этого он предложил конкретный план: отправить в Токио ноту, выдержанную в спокойных, но твёрдых тонах, и одновременно начать негласные консультации с Англией и Германией о дальневосточных делах, чтобы Япония не чувствовала себя защищённой союзниками. Кирилл этот план одобрил и добавил от себя: как только Макаров вернётся с результатами аудита флота, будет принято решение об изменении дислокации корабельных сил на Тихом океане. Не дожидаясь войны, а упреждая её.

Разобравшись с флотом и дипломатией, он перешёл к вопросу, который считал не менее важным, хотя он и не лежал на поверхности. Вопрос этот касался государственного аппарата, той самой машины, которая должна была исполнять все его указы, но которая, как он уже успел убедиться, была устроена так, чтобы саботировать любые перемены. Чиновничество в России представляло собой не просто слой людей, получавших жалование из казны. Это была система, выстроенная вокруг принципа личной лояльности к начальству и круговой поруки. Система, в которой карьера зависела не от способностей и результатов, а от умения нравиться и быть удобным. Система, в которой любое новшество, любое отклонение от рутины воспринималось как угроза и либо хоронилось в бесконечных согласованиях, либо выполнялось так, что лучше бы не выполнялось вовсе.

Кирилл понимал, что ломать эту систему целиком и сразу это самоубийство. Аппарат всё равно возьмёт реванш, найдутся тысячи способов не исполнить указ, исполнить его с точностью до наоборот, потопить реформу в бумагах. Поэтому он решил действовать иначе. Он начал создавать параллельные структуры. Не ликвидировать старые министерства, а создавать при них или при себе небольшие, мобильные группы из преданных делу людей, которым поручались самые важные задачи. Витте со своей командой экономистов и инженеров был первой такой группой. Макаров с его ревизией флота становился второй. Затем должны были появиться и другие: военные, промышленники, педагоги, аграрники, каждый со своей сферой ответственности и с прямым выходом на императора, минуя министерские канцелярии.