События начинают развиваться, когда Хелена сталкивается с попытками извлечения у неё информации, исследования её состояния и воспоминаний, а также с угрозами, исходящими от конкретных лиц, например от Феррона, представителя власти, который проявляет враждебность и жестокость по отношению к ней. Её физическое и психическое состояние усложняется из-за применения трансферов и анимантии — процедур, позволяющих вмешиваться в разум и память, менять восприятие и контролировать волю. Эти методы исследуются на грани дозволенного и вызывают вопросы о целостности души.

Герой сталкивается с внутренним и внешним противостоянием: с одной стороны — попытки контроля и подавления, с другой — стремление сохранить свою суть и раскрыть скрытые истины. Для этого в алхимических кругах разрабатываются новые технологии переноса сознания, включая усовершенствование метода временного переноса, чтобы снять ограничения, наложенные на Хелену, и разобраться в событиях, скрытых от глаз власти. Одновременно растёт напряжение между личными мотивами и общественными правилами, касающимися использования алхимии и пиромантии. Главная задача для Хелены заключается в том, чтобы сохранить собственную идентичность, найти выход из заключения и понять, что именно скрывают алхимики и правители Палладии.

В результате её положение остаётся нестабильным. Её тело и сознание находятся под влиянием внешних сил, а память — под угрозой искажений. Несомненно, перед Хеленой стоит дилемма: выдержать испытания и раскрыть правду либо поддаться обстоятельствам, которые могут навсегда изменить её внутренний мир. Алхимизированные отражают этот конфликт между ограничениями и возможностями, между наукой и духовностью, между личным выбором и жесткими рамками алхимического общества. Сен Лин Ю описывает этот мир с точкой зрения, в которой героиня пытается разобраться в своей сложной ситуации и найти решение среди многочисленных преград.