Королева (Должник 3) начинается с изменения положения главной героини, которой приходится столкнуться с серьёзными обвинениями и снятием с занимаемой должности из-за допущенных неправомерных действий и отсутствия необходимых расходов. После этого ей необходимо подготовить детальный отчёт и передать дела новому руководителю, который прибудет на замену. Дальнейшее развитие событий связано с её отправкой на суд и наказание, а также с инспекцией территории, где происходили нарушения.

Параллельно сюжет разворачивается вокруг взаимодействия разных персонажей и групп, в том числе и на фоне противостояния между мирами матерей и людей. Королева делит своё сознание на несколько частей и анализирует ситуацию как с точки зрения материнского общества, так и с точки зрения людей. Несмотря на внутренние противоречия, она стремится сохранить баланс, но при этом понимает, что люди и матери не смогут сосуществовать на одной планете, и одним из народов предстоит либо уйти, либо погибнуть....