Позывной "Курсант"–3 начинается с ситуации, в которой главный герой оказывается в сложных условиях школы, окружённой чекистами и другими воспитанниками, где необходимо соблюдать строгую дисциплину и правила. Герой — молодой человек, недавно прибывший в это учреждение, где его оценивают и пытаются определить, насколько он достоин и способен выдержать испытания учебы и жизни внутри коллектива. Он находится под наблюдением и сталкивается с необходимостью взаимодействовать с разными персонажами, включая воспитателей, старших и товарищей по школе. При этом окружающие встречают его с разной степенью доверия и враждебности, и ему приходится находить подход к новым условиям.

Нарушение порядка и начало событий связано с тем, что герой оказывается вовлечён в расследование и поиски пропавших товарищей, которые скрываются в бараке, куда никто не решается заглянуть. В ходе этого выясняется, что не все сотрудники и однокурсники действуют открыто, появляются подозрения в наличии предателя и напряжение между группами. Главному герою приходится разбираться с внутренними конфликтами, недоверием и пытается понять истинные мотивы окружающих, что осложняется необходимостью скрывать информацию от других и действовать осторожно, чтобы не вызвать лишних подозрений и наказаний....