Согласно мусульманскому вероучению, в первые времена ислама существовало правило, называемоеиджтихад , — самостоятельное суждение, посредством которого мусульманские учёные, богословы и правоведы могли разрешать вопросы богословия и права, на которые Писание и предание не давали прямого ответа. Так возникла значительная часть корпуса мусульманского богословия и юриспруденции. Со временем этот процесс завершился, когда все вопросы получили ответы; согласно традиционной формуле, «врата иджтихада закрылись», и отныне никакое дальнейшее самостоятельное суждение не требовалось и не допускалось. Все ответы уже были даны, и всё, что требовалось, — это следовать им и повиноваться. Возникает соблазн искать параллель в развитии мусульманской науки, где самостоятельное суждение на раннем этапе породило богатый расцвет научной деятельности и открытий, но где также впоследствии врата иджтихада закрылись и наступил долгий период, в течение которого мусульманская наука почти целиком состояла из компиляции и повторения.
Какое-то время казалось, что еврейские беженцы из Европы вот-вот откроют новый этап в османской медицине. Но на деле всё, что они принесли, — это несколько новых деталей, новые сведения, которые следовало добавить к своду, а со временем, по мере утраты связей с Европой и превращения в часть ближневосточного общества, османские евреи перестали сколько-нибудь существенно отличаться от своих мусульманских соседей.
В известной мере их сменили османские греки, вступавшие в ту пору в полосу роста и развития. Панайотис Никусиас был одним из первых османских греков, изучавших медицину в Падуанском университете, где он получил квалификацию около 1650 года. Вернувшись в Стамбул, он добился такого успеха как практикующий врач, что великий визирь Мехмед Кёпрюлю назначил его своим личным доктором. Как ранее, в предыдущем столетии, с врачами-евреями, великий визирь стал полагаться на своего получившего западное образование греческого врача в том, что касалось знания европейских дел. Никусиас стал великим драгоманом Порты, вероятно, первым обладателем этой важной должности. После его смерти в 1673 году ему наследовал другой греческий врач из Падуи, хиосец Александр Маврокордато, опубликовавший диссертацию о функции легких в кровообращении. Опубликовал он её, впрочем, на латыни, и его работа принадлежит истории европейской, а не османской медицины. Своё место в османской истории он заслужил именно как великий драгоман Высокой Порты.
Начало XVIII века принесло некоторые перемены. В 1704 году врач по имени Омер Шифаи написал небольшую книгу о применении химии в медицинском лечении, которую он представил как перевод с Парацельса. Примерно в то же время другой османский врач, критский грек, принявший ислам, по имени Нух ибн Абдулменнан, перевёл ещё одну книгу о лечении. Третий врач того времени, Шабан Шифаи, преподаватель медицинской школы при мечети Сулеймание, написал трактат, посвященный зачатию и рождению, а также дородовому и послеродовому уходу. Все эти труды отражают новый тип медицинской науки, равно как и новый подход к медицинской практике.