На улицах началась пальба — но тут вошли танки с мотопехотой из состава 2-й танковой дивизии генерал-майора Солянкина. Чрезвычайную энергию и запредельную решимость проявил командир 23-й стрелковой дивизии генерал-майор Павлов, назначенный комендантом крепости Ковно. Подчиненные ему части выдвигались из Двинска с середины июня, но комдив-23 прибыл в город заблаговременно. Со всем тщанием Василий Федотович изучил бывшую царскую крепость, возведенную сорок лет тому назад, и неплохо сохранившуюся — ее комендант генерал Григорьев в 1915 году бросил гарнизон и трусливо бежал из Ковно, в результате паникерства крепость продержалась недолго и была сдана войскам кайзера. Первые части и подразделения, вступившие в город 21 июня, сразу получали четкие задачи, из них выставляли сильные комендантские команды и патрули. К вечеру первого дня войны большая часть дивизии уже была в городе, и принялась наспех возводить новые полевые укрепления в дополнение к прежним. При этом от границы за несколько часов до начала войны стали выводить строительные части, используя автотранспорт — Морозов решил удерживать бывшую столицу Литвы, воспользовавшись цепью хорошо сохранившихся фортов, особенно сильных с южного направления. При наличии мощной корпусной артиллерии можно было рассчитывать на несколько дней упорной обороны — с расчетом на множество ПТОП из закопанных танков Т-26, имевших серьезные поломки — отвезти их на ремонт в Ленинград просто не успели. Так же установили все английские и французские танки бывшей литовской армии — в дивизиях хватало советской бронетехники с избытком, чтобы использовать зарубежные машины, к которым совсем не имелось запчастей.
Именно дислоцированные в фортах батальоны разогнали мятежников — так что восстание подавили относительно быстро, войск вполне хватало. После полудня подошли пограничники из 107-го отряда — как чувствовал, приказал им не сражаться до последнего патрона, а всем заставам отойти под прикрытием выдвинутых в укрепрайон сводных отрядов дивизий. Вместе с подошедшими эскадронами отдельного кавалерийского полка, приданного армии, пограничники произвели блокирование выходов из города. И началась сплошная «зачистка», которую стал проводить прибывший замнаркома НКВД Литвы майор госбезопасности Иосиф Барташунас. И «мягкостью» он совершенно не страдал — литовские товарищи ответили жестокостью на творящиеся преступления. Повстанцы почему-то бросились убивать в первую очередь не только советских работников, но и местных евреев, к которым относились с нескрываемой ненавистью. Не щадили женщин и детей, действовали люто, и теперь платили за это собственными жизнями.